SUPERORDEN Lepidosauria: tuataras, lagartos y serpientes.

ORDEN Rynchocephalia: tuataras. Reptiles con pico. Vértebras bicóncavas. Ojo parietal (tercer ojo) desarrollado, con retina y lente, aunque cubierto de escamas. Ano formado por una hendidura transversal. Dentición acrodonta (dientes sin alveolos, fusionados al borde de la mandíbula). 1 familia y 2 especies.

FAMILIA Sphenodontidae: tuataras. Únicos representantes vivos de un orden de reptiles que se extinguió hace 60 millones de años. Islotes de Nueva Zelanda. 1 género, 2 especies, Sphenodon punctatus y Sphenodon guntheri.

ORDEN Squamata: escamosos. Lagartos y serpientes. Cuerpo cubierto de escamas o placas epidérmicas córneas que se mudan periódicamente. Ano formado por una hendidura transversal. Comprenden el 95% de los reptiles actuales. 38 familias y unas 6.600 especies.

SUBORDEN Iguania: iguanas, camaleones y agamas. Cuerpo relativamente corto, cuatro extremidades bien formadas. Vista aguda. Lengua grande. Párpados y aberturas auditivas externas. 3 familias.

FAMILIA Agamidae: agamas. Dentición acrodonta (dientes sin alveolos, fusionados al borde de la mandíbula). En general ovíparas. No mudan la cola. Regiones tropicales del Viejo Mundo, excepto islas. 40 géneros, 325 especies.

SUBFAMILIA Agaminae
SUBFAMILIA Leiolepinae

FAMILIA Chamaeleonidae: camaleones. Cola prensil no mudable, ojos bulbosos de movimiento independiente. Dedos parcialmente fusionados y oponibles. Lengua larga protráctil, que utilizan para capturar presas. Dentición acrodonta (dientes sin alveolos, fusionados al borde de la mandíbula). Cambian de color para camuflarse. Africa (excepto Sahara), Península Ibérica y sur de Asia. 6 géneros, 128 especies.
FAMILIA Iguanidae: iguanas. Dentición pleurodóntica (dientes sin alveolo, en la cara interna de los huesos de la mandíbula). América, islas del Pacífico y Madagascar. 54 géneros, 550 especies.

SUBFAMILIA Corytophaninae: basiliscos e iguanas crestadas.
SUBFAMILIA Crotaphytinae: lagartos de collar y lagartos leopardo.
SUBFAMILIA Hoplocercinae: lagartos de cola espinosa.
SUBFAMILIA Iguaninae: herbívoros. Incluye la iguana común, Iguana iguana, de Centro y Sudamérica, y las iguanas gigantes de las Galápagos.
SUBFAMILIA Oplurinae: iguanas de Madagascar.
SUBFAMILIA Phrynosomatinae: lagartos cornudos, lagartos de arena y de las cercas.
SUBFAMILIA Polychrotinae: anoles. Comprende la mitad de todos los iguánidos.
SUBFAMILIA Tropidurinae: lagartos de lava y otros.

SUBORDEN Scleroglossa: anfisbénidos, lagartos anguimorfos, gecos, lagartos verdaderos y serpientes. 35 familias.

PARVORDEN Amphisbaenia: anfisbénidos (lagartos gusano y culebrillas ciegas). Cuerpo alargado y cilíndrico, sin extremidades o al menos sin las posteriores. Piel suelta alrededor del cuerpo, cubierta de escamas en anillos. Cabeza envuelta por escudos, a veces fusionados. Ojos ocultos bajo la piel. Un sólo pulmón. Pueden mudar la cola. Son cavadores subterráneos. Africa y América tropical, Arabia, Marruecos y Península Ibérica. 4 familias y 143 especies.

FAMILIA Amphisbaenidae: Africa y América. 120 especies.
FAMILIA Bipedidae: conservan las extremidades anteriores. México. 3 especies.
FAMILIA Rhineuridae: Florida.
FAMILIA Trogonophidae: Africa y Arabia.

PARVORDEN Anguimorpha: lagartos anguimorfos, monitores, varanos y monstruos de Gila. 6 familias y 131 especies.

FAMILIA Anguidae: ánguidos. Principalmente en el hemisferio norte. 90 especies.

SUBFAMILIA Anguinae: lagarto gusano lento o lución y lagarto de cristal o seudópodo. Ápodos.
SUBFAMILIA Anniellinae: lagartos ápodos de California.
SUBFAMILIA Gerrhonotinae: lagartos caimán.
SUBFAMILIA Diploglossinae: galliwasps.

FAMILIA Helodermatidae: lagartos de abalorios. 2 especies, Heloderma horridum (lagarto de abalorios mexicano) y Heloderma suspectum (monstruo de Gila). Los únicos lagartos venenosos. México y EE.UU.
FAMILIA Lanthanotidae: 1 especie, Lanthanotus borneensis (varano sin aberturas auditivas de Borneo).
FAMILIA Shinisauridae: 1 especie, Shinisaurus crocodilurus (lagarto cocodrilo). China.
FAMILIA Varanidae: varanos, monitores o goannas. Africa, Asia y Australia. 34 especies.
FAMILIA Xenosauridae: lagartos de escamas nudosas. México y Guatemala. 3 especies.

INFRAORDEN Gekkota: ojos grandes sin párpados móviles, protegidos por una lente. Sacos cloacales. A pesar de las diferencias morfológicas entre las familias, comparten una misma estructura ósea. Principalmente nocturnos. 3 familias y casi 1.000 especies.

FAMILIA Eublepharidae: primitivos. Párpados móviles y pies sin lamellas. Centro y Norteamérica, Africa y Asia. 22 especies.
FAMILIA Gekkonidae: gecos o salamanquesas. Extremidades desarrolladas. Pies con lamellas sobre unas almohadillas trepadoras o escansores. Nocturnos. Distribución mundial excepto la Antártida. 900 especies.

SUBFAMILIA Diplodactylinae: escansores divididos. Australia y Nueva Zelanda.
SUBFAMILIA Gekkoninae: el grupo más grande. Distribución mundial excepto Nueva Zelanda. Incluye la salamanquesa común (género Tarentola).
SUBFAMILIA Sphaerodactylinae: gecos americanos.

FAMILIA Pygopodidae: patas anteriores ausentes y posteriores reducidas con capas de piel suelta (pingajos). Cuerpo alargado, aspecto parecido a las serpientes. Sin párpados móviles. Australasia. 36 especies.

INFRAORDEN Scincomorpha: casi la mitad de todas las especies de lagartos. Dentición pleurodonta (dientes sin alveolos en la cara interna de los huesos de la mandíbula). Hemimandíbulas inferiores fusionadas. 7 familias y 1.800 especies.

FAMILIA Cordylidae: lagartos de cola de cinto, lagartos planos de las rocas, lagartos anguila de Sudáfrica y lagartos con coraza. Caparazón duro con osteodermos. Africa y Madagascar. 60 especies.
FAMILIA Dibamidae: pequeños cavadores de extremidades reducidas. Sudeste de Asia, islas de Australasia y México. 11 especies.
FAMILIA Gymnophthalmidae: Centro y Sudamérica. 130 especies.
FAMILIA Lacertidae: lagartos "verdaderos" del Viejo Mundo. Patas bien desarrolladas, escamas pequeñas en el dorso, grandes en el vientre y la cabeza. Incluye las lagartijas (género Podarcis). Eurasia y Africa, sobre todo en la región mediterránea. 200 especies.
FAMILIA Scincidae: tendencia a la reducción de extremidades. Suelen tener escamas imbricadas lisas que les dan aspecto de pez. Distribución mundial. 1.300 especies.
FAMILIA Teiidae: grupo equivalente a los lacértidos en el Nuevo Mundo. 100 especies.
FAMILIA Xantusiidae: lagartos nocturnos (algunas especies son activas de día). América. 19 especies.

INFRAORDEN Serpentes (Ophidia): serpientes. Cuerpo alargado sin extremidades. Carecen de orificios auditivos. Mandíbulas inferiores unidas por ligamentos, lo que junto a la estructura flexible del cráneo les permite tragar presas grandes. Ojos sin párpados, cubiertos por una membrana. Lengua bífida proyectable con función olfativa. Dientes cónicos en mandíbulas y paladar. Distribución mundial excepto regiones polares. 15 familias y 2.500 especies.

SUPERFAMILIA Acrochordoidea: 1 familia.

FAMILIA Acrochordidae : serpientes tiburón. Acuáticas, de agua dulce o salada. Escamas granulosas, sin escudos ventrales. Piel suelta, perfil aplanado dorsoventralmente. Constrictoras. Sudeste de Asia y Australia. 3 especies.

SUPERFAMILIA Booidea: rudimentos de extremidades posteriores (espuelas a los lados del ano). 7 familias y 60 especies.

FAMILIA Aniliidae: falsas corales. Cavadoras. Huesos del cráneo fusionados. Norte de Sudamérica y sudeste de Asia. 9 especies.
FAMILIA Boidae: boas del Nuevo Mundo. Vivíparas y constrictoras. La anaconda de Sudamérica (Eunectes murinus) alcanza los 10 m. También se encuentran especies exclusivas del Viejo Mundo, como las boas de la arena.
FAMILIA Bolyeriidae: pequeñas. Constrictoras. Isla Redonda (Océano Índico). 2 especies.
FAMILIA Loxocemidae: 1 especie, Loxocemus bicolor. Semicavadora. Centroamérica.
FAMILIA Pythonidae: pitones del Viejo Mundo. Ovíparas. Constrictoras. La pitón reticulada de Asia, Python reticulatus, alcanza los 10 m.
FAMILIA Tropidophiidae: serpientes de bosque. Parecidas a las boas pero mucho más pequeñas. Constrictoras. Desde sur de Norteamérica hasta norte de Sudamérica. 20 especies.
FAMILIA Uropeltidae: serpientes de cola con escudo. Cavadoras. Huesos del cráneo fusionados. Asia.

SUPERFAMILIA Colubroidea: 4 familias.

FAMILIA Atractaspididae: víboras cavadoras. Africa y Oriente Medio.
FAMILIA Colubridae: incluye la mayoría de las serpientes. En general no venenosas; las venenosas son opistoglifas (colmillos posteriores). Cráneo flexible, cintura pélvica ausente. Distribución mundial excepto la Antártida. 1.600 especies.

SUBFAMILIA Boodontinae: grupo grande y diverso. Incluye especies inofensivas y otras opistoglifas. Africa y Madagascar.
SUBFAMILIA Calamariinae: serpientes enanas del este de Asia. Se alimentan de invertebrados. 80 especies.
SUBFAMILIA Colubrinae: muy diversa y extendida. Incluye serpientes inofensivas (como las serpientes de leche Lampropeltis) y opistoglifas (como las serpientes arbóreas Boiga).
SUBFAMILIA Homalopsinae: acuáticas, opistoglifas. Se alimentan de peces o crustáceos. Asia y Australia. 40 especies.
SUBFAMILIA Natricinae: grupo diverso. Incluye la culebra acuática de collar europea (Natrix natrix), serpientes de agua y serpientes nudosas. Todas las del Nuevo Mundo son vivíparas. Norteamérica, Europa y Asia.
SUBFAMILIA Pareatinae: se alimentan de caracoles. Sudeste de Asia, Centro y Sudamérica.
SUBFAMILIA Pseudoxenodontinae: pequeñas o de tamaño medio. Se alimentan de ranas y sapos. Asia.
SUBFAMILIA Xenodermatinae: apéndices en las escamas del hocico. India y sudeste de Asia.
SUBFAMILIA Xenodontinae: incluye, entre otras, las serpientes de hocico de cerdo de Norteamérica (Heterodon). América (incluyendo Antillas y Galápagos).

FAMILIA Elapidae: cobras, mambas, taipanes, serpientes coral y serpientes marinas. Muy venenosas. Colmillos proteroglifos (anteriores y fijos). La mayoría se alimenta de animales de sangre fría. Terrestres o marinas. Distribución mundial en regiones cálidas.

SUBFAMILIA Acanthophiinae: elápidos de Australasia. Incluye especies que han evolucionado de forma convergente con víboras o colúbridos. Serpientes espinosas o víboras de la muerte (Acanthophis), taipanes (Oxyuranus), serpiente escudo (Aspidelaps), cabeza de cobre australiana (Austrelaps), serpientes tigrinas de las islas (Notechis), serpiente oriental marrón (Pseudonaja textilis).
SUBFAMILIA Bungarinae: búngaros o kraits terrestres (Bungarus), cobras acuáticas (Boulengerina). Africa y Asia.
SUBFAMILIA Elapinae: cobras de Africa y Asia (Naja y Ophiophagus), mambas africanas (Dendroaspis), ringhal (Hemachatus haemachatus), serpientes coral americanas (Micrurus y Micruroides).
SUBFAMILIA Hydrophiinae: serpientes marinas verdaderas. Cuerpo aplanado lateralmente. Vivíparas y totalmente acuáticas. Viven en aguas poco profundas, excepto la serpiente marina de vientre amarillo, Pelamis platurus, que es pelágica. Índico y Pacífico.
SUBFAMILIA Laticaudinae: kraits marinas y serpientes marinas de cola ancha. Cilíndricas, con la cola aplanada. Acuáticas, pero se reproducen y descansan en tierra. Ovíparas. Índico y Pacífico.
SUBFAMILIA Notechinae

FAMILIA Viperidae: víboras y crótalos. Muy venenosas. Largos colmillos solenoglifos (huecos), anteriores y replegables. Cuerpo robusto, adecuado para cazar al acecho.

SUBFAMILIA Azemiopinae
SUBFAMILIA Crotalinae: crótalos o víboras de fosetas. Entre los ojos y las narinas poseen dos fosetas termosensibles, que utilizan para detectar a las presas por el calor que emiten. Mocasines (Agkistrodon), serpientes de cascabel (Crotalus y Sistrurus) y otras. América, Europa, Africa y Asia. 140 especies.
SUBFAMILIA Viperinae: víboras típicas. Desde las zonas más frías (Vipera berus) hasta los trópicos (víbora bufadora Bitis arietans, víbora del Gabón Bitis gabonica, víbora rinoceronte Bitis nasicornis). Europa, Africa y Asia. 60 especies.

SUPERFAMILIA Typhlopoidea: serpientes gusano. Cabeza roma, cuerpo cilíndrico, ojos rudimentarios. Cavadoras. No son venenosas. Se alimentan de invertebrados. 3 familias.

FAMILIA Anomalepididae: serpientes gusano ciegas. Centro y Sudamérica. 20 especies.
FAMILIA Leptotyphlopidae: serpientes de hilo. América, Africa, Arabia y Pakistán. 64 especies.
FAMILIA Typhlopidae: serpientes ciegas. Africa, Asia, Australia y Centroamérica. Una de las especies, Ramphotyphlops braminus (serpiente de tiesto), se encuentra en todo el mundo. 150 especies.